此時正逢地理大發現，歐洲強權紛紛前來東亞貿易，並建立殖民地。而荷蘭人為建立能與中國明朝、日本貿易的據點，遂於1624年在臺灣南部建立了热兰遮城。在荷蘭人於臺灣建立據點以前，臺灣本島仍未有严格定义的漢人移民聚落。雖然當時明朝已在澎湖群島建立巡检機構，但是尚未將觸角深入臺灣本島的原因，大致有下列幾項：
當時倭寇海賊頻繁侵襲中國沿岸，因此官府長期封鎖海岸。
原住民對外來者的抗拒，經常發生械鬥，導致漢人移民墾荒艱辛，願意從中國移居臺灣者較少。
部落社會生產力低，無法吸收大量人口，故移民人數十分有限[3]。
台灣天災頻率多過中國內陸，及台灣海峽湍急阻礙橫渡。
在原住民的統治方面，起先荷蘭人以發展貿易為重，与原住民接触并建立了初步的贸易关系。等到1635年起，荷蘭當局對外貿易開始穩定，才發起征服行動，與高雄附近的麻豆社原住民部落訂定麻豆協約，確立荷蘭人為該地區領主、原住民為封臣的封建關係[4]。荷蘭人透過定期召開的地方會議（荷蘭語：landdag），維繫雙方的封建關係，並任命原住民首長，確立原住民社會的正式領袖[註 2]，以協助荷蘭人推行政令。透過地方會議，荷蘭人也將原本以個別或多個村社為政治實體、彼此攻伐的原住民部落，統合成互相聯盟的聯合村（荷蘭語：Verenigde Dorpen），置於荷蘭主權之下[6]。荷蘭人便藉由攻擊聯合村的敵對部落，讓原住民出草，使得雙方的關係更為緊密[7][註 3]。
1640年代以後，臺灣南部沿海殖民地的行政支出不斷的暴漲，收入也逐漸從轉口貿易轉移到本地稅收[8]。為此，荷蘭人開始新增各種稅收，加上1650年後許多農民賴以維生的甘蔗業開始衰退，漢人對於荷蘭人的統治越來越不滿，引爆了郭懷一事件。事件平息之後，荷蘭人並沒有更改整個殖民地的結構，依然以剝削漢人勞力為經濟發展基礎[9]。之後鄭成功崛起於福建沿海，為荷蘭人創建的荷漢殖民地帶來新的變數，鄭成功於1661年進攻臺灣，翌年荷蘭人為其所擊敗，退出臺灣南部沿海殖民地。
史前臺灣
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主条目：臺灣史前時期
臺灣原有南島民族系原住民的存在，這些使用南島語系的臺灣原住民族群分佈於臺灣全島。南島語族主要分布範圍北到台灣，南至紐西蘭，東到復活節島，西至馬達加斯加[10]。他們雖然同屬南島馬來民系，但是並非同一部落。這些原住民族各有不同的語言與風俗習慣，構成獨立而不相隸屬的部落社會。由於不同的語言、風俗習慣、居住區，這些原住民族可能是在不同時間，從不同地方搬遷而來。因為分成許多族群，原住民族在臺灣始終未能建立統一全臺的政權，僅有些地方部落聯盟（荷蘭當局曾將台灣各地劃分為十一個政治實體），如台中附近的大肚王國和恆春半島上的瑯嶠君主。
由於適當的地理位置，臺灣成為倭寇或海盜的整補地及避風港。倭寇或海盜在明帝國沿海劫掠，遇到官兵追擊，就逃至澎湖群島，然後再到臺灣。官兵雖會追至澎湖，但甚少窮追到臺灣（明將只有沈有容曾跨海追至安平，並「盡殲群倭」）。關於當時臺灣的情景，學者多參考《東番記》，為最早對於臺灣的相關記載。
航海時代
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臺灣歷史、台灣歷史年表
史前時期
荷治 1624－1662
西治1626－1642
原住民政權及部落 －1933
明鄭時期 1661－1683
清治時期 1683－1895
日治時期 1895－1945
戰後時期 1945 迄今
其他政權
時期分類宋治澎湖 · 元治澎湖 · 明治澎湖 · 法佔澎湖 · 荷治雞籠[錨點失效]
原住民政權與部落大肚王國 · 魯富都 · 蛤仔蘭 · 卑馬巴 · 大龜文 · 加祿堂社 · 崩山八社 · 普卡爾 · 斯卡羅 · 淡水國 · 雞籠國
勢力名分類
大明永和 · 林氏天運順天 · 陳氏天運 · 朱氏鎮海 · 鎮海光明 · 張氏天運 · 戴潮春政權 · 大南澳政權 · 臺灣民主國 · 鐵國山 · 大靖政權 · 大明慈悲國 · 魍港十寨（諸羅外九莊） · 臺中地區治安委員會
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查论编
16世紀，基督教世界的西歐國家困於鄂圖曼土耳其帝國的陸路封鎖，積極向外擴張勢力，開闢往東亞的新貿易航路，因而發現美洲新大陸、好望角新航路，進而縮短了亞洲與歐洲的距離，世界從此進入海權時代。西歐各國競相到世界各地從事探險、殖民、貿易、傳教活動。在海權爭霸的國際環境下，臺灣被迫走入新的歷史時期。
1543年，葡萄牙船隻在經過臺灣海峽時，有個船員偶然遙望，發現一個青蔥翠綠的海島，禁不住喊出「Ilha Formosa（葡萄牙語：美麗島）」，就這樣，這個「福爾摩沙」（Formosa），就成了西方世界對臺灣這個島嶼的稱呼[11]。然而，葡萄牙人雖是最早抵達東亞的歐洲探險者，但是與臺灣之間僅止於用鴉片與銀元交換臺灣原住民的物品，並不打算進一步殖民。
17世紀初，西方重商主義國家也開始注意臺灣。此時遠東海面已成為歐洲三國角逐的形勢：租得明帝國之澳門的葡萄牙王國、殖民菲律賓呂宋島的西班牙帝國、佔據爪哇的荷蘭聯省共和國，在遠東海面展開商業和殖民的競爭。西歐勢力東移的同一時期，正值明帝國政府結束了鄭和「七下西洋」的行動，逐漸關閉起國門對外實行海禁政策時期，倭寇及海盜（或稱為擁有武裝的「海商集團」）因走私貿易利潤豐厚，而在明帝國東南沿海一帶積極活動，甚至公然挑戰明帝國的統治權威。
前來東亞
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熱蘭遮城復原模型
荷蘭獨立戰爭爆發後，荷蘭人成立了荷蘭東印度公司，發動一連串戰爭，以奪取西葡聯邦於東亞的殖民地。後來荷蘭人在雅加達、安汶、平戶等地陸續開設商館，惟與中國貿易進展不順。1604年，韋麻郎打算進攻澳門，以作為與明朝貿易的基地。因被葡萄牙人擊退，韋麻郎轉而趁明軍無汛兵防守時，佔領澎湖。但明軍將領沈有容率兵到澎湖，要求韋麻郎離開。韋麻郎迫於此壓力下，且無法順利與中國貿易，因而離開。此事件留有《沈有容諭退紅毛番韋麻郎等》碑，今仍豎立在澎湖天后宮中。
1622年，揚·彼得斯佐恩·庫恩總督獲知西班牙人意圖佔領臺灣，遂派雷約生（荷蘭語：Cornelis Reijersen, c.1590 - 1632）率領600人進攻澳門，若失敗則轉往澎湖或臺灣設立貿易據點。只是葡荷澳門戰役荷軍遭葡萄牙軍頑強抵抗，損失慘重，雷約生遂轉佔澎湖，並在風櫃尾築城[12]。雷約生到福州見福建巡撫商周祚，希望與中國貿易。商周祚私下答應雷約生，只要撤出澎湖，就允許他們在台灣貿易，但雙方一直無法取得共識。
1624年南居益上任福建巡撫後，打算硬逼荷蘭人退出澎湖，派兵包圍了風櫃尾城。經過八個月激戰、雷約生多次請辭，荷蘭東印度公司派馬丁努斯·宋克來接應，而明朝從四千人增兵到一萬人。經李旦介入協調以後，荷蘭人和明朝達成協議，同意摧毀風櫃尾的要塞和砲台，轉進至不屬於中國版圖的臺灣島，明朝亦不干涉荷蘭對臺灣的佔領。[13]李旦之所以積極介入，原因之一是為了解除荷蘭人佔據澎湖後，不准中國商船到馬尼拉貿易的困境。[14]
1624年8月26日，荷軍撤出澎湖轉往台灣。荷蘭東印度公司乃於不受明朝政府管轄的福爾摩沙（今臺灣）大員（今臺南市安平區），建立臺灣本島信史上第一個統治政權。
根據中央研究院院士杜正勝與曹永和的研究：「明朝雖實施海禁，但臺灣不只明朝不管，甚至也不屬任何國家管轄，所以走私船早在當時就在基隆、安平與淡水會合明朝、日本與西班牙、葡萄牙與荷蘭的商船。...根據荷蘭史料，當時東印度公司指揮官萊爾森於1622年到福州談判，明朝官員為了勸誘他們撤出澎湖，建議他們到澎湖以東，一座不屬於明朝的島嶼，也就是臺灣，間接同意明朝船隻到大員（今安平）與之通商。...當時明朝官員向萊爾森說：「你不知道大員怎麼去，我們派船帶你去」。這段史料，顯見明朝福建官員知道臺灣，但不以臺灣當作屬地。而同樣年代，明代的史料記載的是，官員軟硬兼施，並請海商李旦居中協調，荷蘭的新任長官宋克，才在1624年拆除澎湖城堡的建材，搭乘熱蘭遮城號商船，來到大員上岸，宋克也成為荷蘭建立臺灣政權的首任長官，他也在大員建立熱蘭遮城。[15]
1624年8月底來到台灣的宋克首先在北汕尾（今臺南四草鹿耳門一帶）建立簡易的商館，並在大員一鯤鯓（今臺南安平區）築熱蘭遮城，以此作為統治臺灣的中心，成為第一任台灣長官，並在次年1625年1月20日向新港社以15匹花布買或租下赤崁的土地，興建普羅民遮市街以安置來台貿易的漢人及日本人。這是臺灣躍上國際舞台的開始，也為外來政權佔領的開始[16]。
穩固地位
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主条目：荷蘭在臺灣之平定行動
《大員港市鳥瞰圖》，藏於荷蘭米德爾堡哲烏斯博物館（Zeeuws Museum（荷兰语：Zeeuws Museum））
在臺江內海附近的平原上，有四個主要的西拉雅村莊，分別為新港社、蕭壠社、麻豆社、目加溜灣社。荷蘭人與新港社結盟，但是新港社係其中最弱小的村莊，經常會被最強大的村莊——麻豆社所攻擊。雖然荷蘭人數次支援新港社對抗麻豆社，1629年卻爆發了麻豆溪事件，徹底打擊荷蘭人的威望[17]。當時大員當局的士兵還不到400人，無法戰勝麻豆社，加上受到濱田彌兵衛事件波及，對外貿易受挫，讓巴達維亞當局不願增援[18]。1630年，大員當局只得先進攻麻豆社的同盟村——目加溜灣社，並和麻豆社暫時休兵。
到了1635年9月，巴達維亞當局同意增援臺灣；同時蕭壠社、麻豆社爆發了瘟疫，村內不少勇士都染病而死[19]。大員當局認為這是好時機，聯合新港社於11月23日攻入麻豆社，並簽訂麻豆協約，又於聖誕節之役擊敗塔加拉揚社（Taccariang，約在今高雄一帶）。荷軍乘戰勝的餘威，擊敗了其他敵對村莊，如蕭壠社、小琉球社等等，其他南臺灣的部落也陸續臣服。這一連串的勝利確立了荷蘭人的威勢，到1636年底，共有57座原住民村莊服從荷蘭人[20]。
荷蘭盛世
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1636年起，因赤崁附近的鹿群大量減少，大員當局遂開放漢人前往北邊捕鹿。此時虎尾壠社是有名的梅花鹿棲息地，不少漢人走私團體居住於此，並和原住民從事鹿皮交易。虎尾壠漢人為了排除新來漢人的競爭，便聯合虎尾壠原住民反抗荷蘭人，並殺害前來捕鹿的漢人[21]。大員當局分別於1637年及1638年進攻虎尾壠，不過虎尾壠社依然敵視大員當局，甚至殺死了3位荷蘭人[22]。1642年，荷軍進攻虎尾壠社，殺死了之前襲擊荷蘭人的30人，自此之後虎尾壠社不再反抗。此後，大員當局有鑒於虎尾壠社的敵意出自漢人煽動，遂禁止漢人定居於原住民部落，並要求原住民搜補非法居住的漢人[23]。
参见：雞籠之戰和大肚王國
荷蘭佔領南臺灣後，西班牙人亦佔領北臺灣，開啟其統治。然而1637年起，西班牙人開始削減在台軍力，並從淡水撤出。時任總督的安東尼·范·迪門探悉此消息以後，乃於1642年派艦攻佔雞籠，趕走了西班牙人。荷蘭人征服北臺灣後，目標轉為完全征服西部平原的原住民，以連通臺灣南北的道路。1644年，荷軍征服北臺灣其餘不肯服從的部落，並南下打通陸路。荷軍在路上為隸屬大肚王國的水裡社及半線社所攻擊，不過仍順利抵達大員[24]。1645年1月，荷軍進攻大肚王國內的反荷部落，大肚王國只得於4月正式降服[24]，至此全西部平原皆服從荷蘭人的統治。
統治結束
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主条目：郭懷一事件、鄭成功攻臺之役和清荷聯軍
自1650年起，鄭成功於福建沿海崛起，為了籌措和清朝抗衡的軍費，他派遣大量商船前往日本及東南亞貿易，與荷蘭人競爭。1652年爆發郭懷一事件，因為起事規模過大，就有傳言鄭成功在暗中操縱[25]。雖然荷蘭人判斷只是謠言[26]，仍然很擔心鄭成功的威脅。荷蘭人為了打擊鄭成功，開始在海上扣押鄭氏商船，鄭成功則禁止雙邊貿易作為報復[27]。
1657年，揆一派何斌和鄭成功交涉，雖然鄭成功答應恢復通商，何斌卻暗中替鄭成功在臺灣徵稅[28]，直到1659年大員當局發現此事，何斌便向鄭成功倒戈。何斌逃亡讓臺灣西南部陷入動盪，到處都謠傳鄭成功即將進攻，一些漢人開始收拾財產，打算攜帶家眷返回中國大陸[29]。1661年，鄭成功進攻臺灣，很快就拿下普羅民遮城，並包圍熱蘭遮城。1662年，鄭軍奪下大員的制高點—烏特勒支碉堡，揆一自知已無力再戰，向鄭成功投降，並退出臺灣。
荷蘭人撤離台灣後，遂打算和大清帝國合作對付鄭氏王朝。1663年清荷聯軍進攻金門、廈門，鄭成功的繼承者鄭經寡不敵眾，退守銅山。荷軍雖然得勝，但清軍卻未協助進攻臺灣，讓荷蘭人的期望落空。
1664年，荷蘭人出兵佔領雞籠，並於此地發展貿易，鄭軍隨後也於1665年進駐淡水，與荷軍對峙。然而雞籠不但補給困難，清國更擴大嚴格實施海禁，與清國的貿易也始終無進展，1667年東印度議會以損失荷蘭盾八萬元為由，裁決撤出雞籠，翌年7月將所有公司職員接回荷屬東印度的巴達維亞，自此荷蘭人徹底放棄佔領臺灣。